Taxonomoek espezie izeneko unitateetan sailkatzen dituzte bizidunak, eta, izan ere, espeziea sailkapen biologikoaren oinarrizko unitatea da, eta bai, halaber, kategoria taxonomiko bat. Nolanahi, espeziearen kontzeptu teorikoa kasu batzuetan ez da oso argia suertatzen, eta definizio desberdinak landu dira.

Espeziearen definizio ebolutiboa: espeziea izango litzateke historia ebolutibo komuna partekatzen duten bizidun guztien multzoa. Horren arabera, espezie ebolutiboa leinu bakarra da, arbaso-ondorengoen populazioak besarkatzen dituena, eta gainerako leinuekiko bereizita mantentzen dena. Definizio honetaz baliatzen dira taxonomo eta paleontologo asko, eta argi ikusten dute noraino iristen diren espezie jakin baten mugak, hau da, zein den espezie horren fenotipoa eta non hasten den gainerako espezieekiko diskontinuitatea. Definizio ebolutiboak, alabaina, arazo nagusi bi ditu. Batetik, zelan erabaki zer den historia ebolutibo komuna? Espezie bateko ale guztiak ez dira inoiz erabat identikoak izaten, eta hortaz, ezin izan dute arruta ebolutibo berberari jarraitu. Gainera, kronospezie bi leinu berekoak izan arren, espezie bi bailiren kontsideratzen dira. Bestalde, nahiz eta espeziazioa espezie baten populazio desberdinek jasaten duten presio desberdinen ondorio gisa ulertzen den oro har, definizio ebolutiboak ez du ezer zehazten espeziea mantentzen duten edota espeziea eboluzionarazten duten mekanismoez.

Espeziearen definizio biologikoa: espeziea, elkarrekin benetan ugaldu egiten diren edo potentzialki ugal daitezkeen populazio naturalen multzoa da, gainerako multzoekiko ugal isolamendua duena. Espezie biologikoaren definizioaren arabera, beraz, badaude zenbait mekanismo isolatzaile ahaideturiko espezieen arteko gene-fluxua ekiditeko. Ikuspegi horretatik espeziazioa mekanismo isolatzaile horien lorpenean datza azken batean, eta osoa dela esan ohi da, baldin eta garatu diren barrera ugaltzaileak nahikoa badira espezie berri bien arteko gene-fluxua ekiditeko. Aipaturiko mekanismo isolatzaileak mota bikoak izaten dira, prezigotikoak eta postzigotikoak, segun-eta ernalketarik gertatzen den ala ez. Izatez, hauxe da espeziearen definiziorik onartuena eta kontsentsurik zabalena erdietsi duena, baina badauzka zenbait eragozpen. Batetik, begien bistakoa denez, ezin zaie aplikatu asexualki ugaltzen diren espezieei. Bestalde, praktikan ez da baliagarria espezie suntsituetarako, ez baitira ugaltzen. Hala ere, horrelako kasuetan aleen elkarren arteko fenotipo-antzekotasuna erabiltzen da espeziea onartzeko. Nolanahi, ugal isolamenduaren irizpidea ezin da praktikan erabili geografikoki banandutako populazioak dituzten espezieekin, eta, areago, espezie askoren kasuan ezin da ugalketa behatu baldintza naturaletan, hau da, ezin da espeziearen benetakotasunaren bermerik lortu.  

Adierazi bezala, espezie biologikoaren kontzeptuaren arazoa praktikan agertzen da. Eta ez soilik fosilei dagokiela (esate baterako, nola baiezta daiteke trilobite-populazio bi elkarrekin ugaltzeko gai zirenetz), baita egungo bizidunekin: orokorrean, taxonomoek ezin dute frogatu populazio biren artean gene-elkartrukea posiblea ote den; areago, gehienetan bildumetako ale kontserbatuekin egiten dute lan. Argi dagoenez, espeziearen definizio biologikoa batzuetan irreala izaten da, espezieak zehazteko unean.

Beraz, praktikan beste bideren batetik abiatu beharko da, irizpide errazagoak bilatuz. Irizpide horiek morfologikoak izaten dira, zeintzuak errazenak baitira behatzeko eta kontserbatzeko. Edozelan ere, logikoak dira, zeren eta, suposatu egiten bada espezie batek kohesio genetikoa mantendu behar duela, orduan logikoa baita itxarotea aleen aldaketa morfologikoa leuna eta jarraia izatea espezie baten barruan, eta, era berean, ez-jarraia edo bat-batekoa espezie desberdinen artean. Beraz, nahiz eta teorian espeziearen kontzeptua populazioen propietate ugaltzaileetan oinarrituta egon, praxian batez ere morfologiak lagunduko du espezieak bereizteko unean. Ildo horretan kokatu behar dira beste definizio bi hauek:

Espeziearen definizio tipologikoa: espeziea bizidun-talde bat da, zeinean kide guztiak nahikoa doitzen baitira ezaugarri zehaztu jakin batzuetara. Bariazio-taldekamenduek edo aleen fenotipoek desberdinduko lituzkete espezieak. Hauxe da, besteak beste, Lineok espezieak identifikatzeko erabilitako metodo klasikoa. Alabaina, gaur egun badakigu fenotipo desberdin bik ez dutela beti adierazten espezie bi. Esaterako, hego biko drosofila baten lau hegoko drosofila kumea ez da “beste” espezie batekoa.

Izatez, Nomenklatura Zoologikorako Nazioarteko Kodeak de facto espeziearen kontzeptu tipologikoarekin jokatzen du espezie berriak deskribatzeko arauak ematean. Kodeak arautu bezala, alde batetik, eta posiblea denean, ale-kopuru handiekin egin behar da lan, aleak populazio desberdinetakoak izanik. Aztertu egin behar dira ahalik eta ezaugarri gehien: morfologikoak, ekologikoak, fisiologikoak, etologikoaketa abar. Datu guzti horiekin espeziearen deskribapen zehatz-zehatza burutu eta argitaratu behar da. Horretarako erabili den material biologikoa edozein zientzialariren eskumende egon behar da, eta horregatik normalena izaten da material biologiko hori erakunderen batean depositatzea, unibertsitate edo museoren batean, egokiro kontserbatuta. Deskribapenarekin batera, “tipoa” edo “ale tipikoa”, edota zehazkiago holotipoa, designatzen da. Ale horixe da, deskribatzailearen ustez, espeziea ondoen errepresentatzen duena. Holotipoarekin batera, deskribapenerako erabili diren gainerako aleak aipatzen dira argitalpenean; beroriek paratipoak dira. Holotipoak eta paratipoek serie tipiko deritzona osotzen dute. Serie tipiko horrek mugatzen ditu espeziearen betebeharreko ezaugarriak, bera da espeziearen kanona, eta horrenbestez, espezie horren ezaugarriak betetzen dituena izango da espezie horretakoa, nahiz eta ez jakin benetan elkarren artean ugaltzerik duten ala ez.

Espeziearen definizio morfologikoa: populazio bat edota populazio-taldea morfologikoki gainerako populazioetatik bereizten dena da espeziea. Aurreko definizioaren oso antzekoa da. Kontzeptu biok nahikoa kritikatuak dira zeren, datu genetikoek erakutsi bezala, genetikoki oso desberdinak diren populazioak oso antzekoak izan baitaitezke morfologikoki, eta, aitzitik, oso ahaideturiko populazioen artean batzuetan alde morfologiko nabarmenak egon daitezke. Nolanahi, espezie gehienak soilik morfologian oinarrituta deskribatu dira.