Eragile bizi batek, gehienetan mikroorganismo batek, beste organismo ostalari bat kolonizatzen duenean esaten da infekzioa gertatu dela. Ikuspuntu klinikotik germenek eragiten dituzte (birusak, bakterioak, rickettsiak, mikoplasmak, klamidiak, onddoak eta protozooak) infekzioak, baina germen guztiak ez dira gai infekzioa sortzeko. Gizakiok etengabe egoten gara kontaktuan germenekin, eta gure azalean eta gure mukosetan ere germenak egoten dira (gure mikrobio-flora) inolako infekziorik eragin gabe. Germen saprofitoak dira horiek, gurekin bizi direnak kalterik sortu gabe eta, askotan, gure organismoarentzat mesedegarriak direnak; gure hesteetan dagoen Escherichia colik, adibidez, K bitamina sintetizatzen du. Mikroorganismoarekiko harremana ostalariarentzat kaltegarria denean, germen horiei patogeno deritze; horiek dira infekzioak sortzen dituztenak. Hala ere, ez da ahaztu behar patogenoak ez diren germen saprofitoak patogeno bihur daitezkeela ostalariaren immunitate-sistemak huts egiten badu; halakoetan, saprofito horiei germen oportunista deritze.

Germen patogenoaren eta saprofitoaren kontzeptuak kontuan harturik, bi eratako infekzioak ditugu: infekzio endogenoak (mikrobio-floraren germen saprofitoek sortuak immunitate-sistemak huts egiten duenean) eta infekzio exogenoak (ingurumenean edo beste izaki batean dauden germen patogenoek sortuak). Infekzio exogenoen kasu berezia zoonosiak dira: normalean animaliak kutsatzen dituzten germenek gizakietan eragiten dituzten infekzioak. Garai batean, infekzio exogenoak (kolera, baztanga…) oso larriak ziren; gaur egun, ordea, infekzio endogenoek sortzen dituzten erikortasuna eta hilkortasuna gero eta nabarmenagoak dira, batetik populazioaren zahartzeagatik, askotan erabiltzen diren tratamendu immunosupresoreengatik eta hiesagatik, baina baita txerto, antibioterapia eta neurri prebentiboei esker infekzio exogenoak gero eta kontrolatuago daudelako ere.

Ondo bereizi behar dira infekzio eta gaixotasun infekzioso hitzak. Ostalaria eta germen patogenoa kontaktuan jartzen direnean, kutsapena eta horren ondoriozko gorputzean zeharreko barreiadura eta germen-ugalketa gertatzen dira; halakoetan, esaten da ostalaria infektatu egin dela. Hori guztia beharrezkoa da gaixotasun infekziosoa gerta dadin, baina ez da nahikoa izaten; gaixotasun infekziosoa, eta ez infekzioa soilik, dagoela esan ahal izateko, germenaren eraso patogenoa eta ostalariaren erantzuna jarri behar dira martxan, eta bi horien ondorioz sintoma eta zeinu klinikoak agertu. Adibide honek hobeto azaltzen du aurreko guztia: giza immunoeskasiaren birusak (GIB) sortutako infekzioan infektaturiko gaixo asko luzaroan egoten dira asintomatiko eta urteak pasa daitezke hartutako immunoeskasiaren sindromearen (hiesaren) adierazpen klinikoak, hau da, benetako gaixotasun infekziosoa, agertu arte.

Infekzioaren lehenengo fasea kutsapena da (ez da gertatzen infekzioa endogenoa denean), zuzenekoa edo zeharkakoa izan daitekeena. Zuzeneko kutsapena sexu-harremanen bidez, transfusioen bidez eta kutsaturiko xiringen bidez gauzatzen da, baita amarengandik fetuarengana plazentaren bidez ere. Zeharkako kutsapena, aldiz, airearen bidez, kutsaturiko objektuen bidez, janari eta ur kontaminatuen bidez edo bektore bat dela medio (gehienetan artropodoa) gertatzen da. Infekzio-sarrerarik ohikoenak larruazala, begien konjuntiba, arnasbideak, digestio-aparatua, gernubideak eta odol-hodiak dira. Behin kutsatutakoan, germena ostalariaren azalari atxikitzen zaio, eta han ugaltzen da: germenak ostalariaren gorputza kolonizatu du. Kolonizazio-fase hori ez da gertatzen, baldin eta germena artropodo baten bidez edo orratz baten bidez zuzenean barneratzen bada odolera.

Kolonizazioa gauzatutakoan, germenek mukosak edo larruazala gainditzen dituzte. Larruazalak eta mukosak gainditzeko gaitasunari germenaren infektibitate deritzo. Batzuetan, germenak mukosan bertan geratzen dira, eta han gauzatzen dute beren ekintza patogenoa; halakoetan, esaten da infekzioa lokala dela. Horren adibidea da Shigellak eragiten duen gastroenteritisa.

Behin mukosak zeharkatuz gero, germena gorputzean zehar barreiatuko da linfaren bidez, nerbioen bidez edo odolaren bidez, eta inguruko ehunak birrinduko ditu. Germenak odolean daudenean baina inolako adierazpen klinikorik eragin gabe, hau da, germenak, besterik gabe, odoletik pasatzen direnean beste norabaiteko bidean, bakteriemia hitza erabiltzen da. Baina germenak odolean bertan ugaltzen direnean eta horren ondorioz adierazpen klinikoak daudenean, septizemia edo sepsis hitza dugu nahiago.

Gaixotasuna eragiteko gaitasunari patogenotasun deritzo, eta patogenotasun horren intentsitatea birulentzia da. Germenen eraso patogenoa zuzenekoa izan daiteke zelulak suntsitzen dituztenean, edo toxinen bidezkoa. Exotoxinak dira germenek jariatzen dituzten proteina toxikoak, eta endotoxinak, aldiz, germenak lisatzean askatzen diren produktu toxikoak, mikroorganismoen osagaiak, alegia.

Gaixotasun infekziosoaren agerpena eta haren intentsitatea, germenaren birulentziaz gain, beste faktore batzuen mende daude: germen-kopurua; ostalariaren arraza, adina eta sexua; haren nutrizio-egoera; germenarekin aldez aurretik izandako kontaktuak; eta ostalariaren immunitate-sistemaren egoera, besteak beste.

Infekzioen kontra farmako antimikrobianoak ditugu: antibakterianoak, antifungikoak, antibirikoak, antiparasitarioak... Azken urteotan, nahiz eta gaixotasun infekziosoen prebentzio, diagnostiko eta tratamenduan lortutako aurrerapenak izugarriak izan, oraindik ere infekzioek sortzen dituzten hilkortasuna eta erikortasuna handiak dira. Bestetik, orain dela gutxi jakin da gaixotasun batzuen kausa infekziosoa dela: adibidez, frogatu da Helicobacter pylori dela ultzera peptikoaren eragile nagusietako bat.